Vodní toky spadají pod správu vodních toků, které se dělí na vodní toky významné a drobné. K povinnostem provozu a správy vodních toků patří sledování stavu koryt, kvality vody, udržovat břehové porosty, udržovat v kvalitním stavu vodní díla, zajišťovat úpravy koryt, povodňovou ochranu, oznamovat závady, navrhovat opatření a další činnosti.